L'anatomie des serpents, malgré leur forme allongée, a beaucoup de traits communs avec celle des autres vertébrés, y compris l'homme. Elle est basée sur les mêmes appareils et systèmes vitaux et présentent les mêmes organes : cœur, poumons, foie et reins. Mais leur forme et leur disposition différent, à cause de l'étroitesse du corps. Le squelette d'un serpent semble compliqué, avec des centaines de côtes, mais il est très simple, comparé à celui des lézards ou d'autres reptiles.
Anatomie interne
La plupart des organes d'un serpent sont contenus dans sa longue cage thoracique et composent les divers appareils et systèmes assurant ses fonctions physiologique.
1. Poumon trachéen
2. Trachée
3. Œsophage
4. Coeur
5. Poumon droit
6. Foie
7. Estomac
8. Vésicule biliaire
9. Pancréas
10. Rate
11. Intestin grêle
12. Testicules
13. Gros intestin
14. Reins
15. Uretère
16. Canal déférent
17. Rectum
18. Cloaque
Appareil respiratoire
Les serpents inspirent et expirent par la bouche et la trachée. Tous, excepté les boas et les pythons, ont un poumon gauche atrophié ou absent. Le poumon droit est en revanche hypertrophié. Chez les espèces aquatiques, il est très développé et sa partie inférieure est modifiée de façon à pouvoir régler l'équilibre hydrostatique du serpent.
Chez certaines espèces, l'absence du poumon gauche est compensée par un poumon trachéen, une extension du poumon droit qui fournit un supplément de capacité respiratoire et peur aider le serpent à respirer tout en avalant une grosse proie. Pour éviter d'étouffer, les serpents ont aussi une trachée musculeuse qu'ils peuvent amener en avant, en la faisant passer sous la proie de façon à pouvoir continuer à respirer.
Appareil circulatoire
Il est similaire à celui de la plupart des autres animaux (hormis les ramifications qui s'étendent dans les membres), si ce n'est que le cœur n'a que 3 cavités au lieu de 4. Il n'a qu'un seul ventricule, partiellement divisé, mais les sangs artériel et veineux ne se mélangent pas.
Appareil digestif
La digestion commence dans la bouche : des glandes salivaires sécrètent des sucs digestifs pendant que le serpent mange. Chez les serpents venimeux, le venin paralyse la proie tout en contribuant à la digestion. La gorge et l'œsophage, musculeux, aident le serpent à pousser la nourriture vers son estomac (une partie plus élargie de l'intestin). Du fait de la forme étroite du serpent, l'intestin grêle et le gros intestin sont moins enroulés et donc globalement plus courts que chez les autres animaux. Les aliments non digérés sont éliminés par le rectum et le cloaque.
Appareil excréteur
Les serpents n'ont pas de vessie. Les déchets filtrés par le rein sont excrétés sous forme d'acide urique, un composé blanc et cristallin, contenant très peu d'au, ce qui permet au serpent de ne pas se déshydrater.
Appareil reproducteur
Comme les mammifères et d'autres reptiles, les serpents pratiquent la fécondation interne. Les mâles ont des testicules allongées et une paire d'organes copulateurs, les hémipénis, un seul étant utilisé pendant l'accouplement. Le sperme est conduit par l'uretère des testicules jusqu'aux hémipénis. Les femelles ont en général des ovaires décalés, certaines espèces n'ayant pas d'ovaire gauche.
Système nerveux
Il se compose du cerveau et de la moelle épinière. En l'absence de membres, le réseau nerveux est simplifié, bien que l'organe de Jacobson et, chez certaines espèces, les fossettes thermosensibles soient innervés. La fonction des terminaisons nerveuses sous les fossettes et tubercules des écailles n'est pas claire.
Squelette
Il comprend un crâne, une colonne vertébrale, des côtes, et parfois une ceinture pelvienne. Les nombreuses vertèbres, qui compose la colonne vertébrale très souple, sont très solides pour résister à la traction imposée par les muscles. Il y a une paire de côtes rattachée à chaque vertèbre cervicale ou dorsale (jusqu'à 400 chez certaines espèces, les petits serpents pouvant néanmoins en avoir 180), mais il n'y en a pas sur les vertèbres caudales. Les côtes ne se rejoignent pas le long du ventre et s'écartent, quand le serpent avale une grosse proie.
Crâne
Contrairement à la plupart des carnivores, capables de mâcher leurs proies et de les tenir pendant qu'ils mangent, les serpents n'ont pas de membres et doivent donc avaler leur nourriture en entier. Chez les plus primitifs, les mâchoires ont une mobilité limitée, voire nulle. Ces espèces se nourrissent surtout de fourmis et de termites. Les serpents les plus évolués ingèrent de grosses proies, et la capacité d'ouvrir largement les mâchoires est alors capitale. Ils ont acquis un crâne articulé de façon souple, dont les os, qui, sont chez d'autres animaux, sont massifs et solidement soudés entre eux, sont menus et capables de s'écarter les uns des autres, quand les mâchoires sont grandes ouvertes.
Le crâne de ces espèces est conformé de manière à ce que les mâchoires supérieures puissent se déplacer vers l'avant, l'arrière ou l'extérieur, indépendamment l'une de l'autre et du reste du crâne. La mâchoire inférieure offre une plus grande flexibilité : elle n'est pas jointe au menton et peut s'écarter ou être avancée d'un seul coté à la fois. Ceci permet au serpent d'accrocher ses dents dans la proie et de l'entraîner dans son œsophage.
Crâne rigide
Le crâne des serpents primitifs, tels les leptotyphlopidés, est rigide et lourd, et les mâchoires sont très courtes
Mâchoires allongées
Chez les pythonidés, les maxillaires peuvent s'écarter, bien que la mandibule soit encore relativement rigide
Crâne allégé
Le crâne et la mandibule des colubribés ont des tailles réduites, mais sont très mobiles
Protéroglyphe
Les mambas et les autres élapidés ont des crochets courts, creux et fixes, sans dents juste derrière
Solénoglyphe
Les crochets sont très longs, et le serpent peut les replier en rabattant les maxillaires auxquels ils sont rattachés
Dents
En fonction de leur mode d'alimentation, les serpents ont soit un grand nombre de dents, soit presque aucune. Elles sont disposées le long de l'os dentaire (parties antérieurs de la mâchoire inférieure), des maxillaires et des os palatins. En arrière, les os palatins sont soudés aux os ptérygoïdes, qui portent aussi généralement des dents.
Au lieu d'être enracinées dans des alvéoles, les dents de serpents sont faiblement rattachées à la surface de la mâchoire. Elles tombent facilement, mais sont constamment remplacées tout au long de la vie du serpent. Même les dents venimeuses sont perdues de cette façon, mais leur remplacement est rapide. Les dents qui tombent s'incrustent souvent dans la proie, lorsque celle-ci est entraînée dans la bouche du serpent, et sont alors avalées.
Crochets
Certains serpents ont des dents de différents types, notamment de grands crochets pour injecter du venin. Ces serpents sont divisés en deux groupes.
Les opisthoglyphes : Couvrant environ un tiers des espèces de la famille des colubridés, ils peuvent n'avoir qu'une paire de crochets situés à l'arrière de la bouche, ou deux de chaque côté. Chez certains, les crochets sont sillonnés pour faciliter l'écoulement du venin jusqu'à l'extrémité. Chez quelques espèces, les crochets, assez près de l'avant des mâchoires, peuvent donc injecter le venin en une seule morsure.
Les protérodontes : Les serpents dotés de crochets antérieurs appartiennent aux atractaspididés, aux élapidés et aux vipéridés. Les crochets des élapidés sont cannelés (protéroglyphes) et ceux des vipéridés canaliculés (solénoglyphes). Les vipéridés peuvent rabattre leurs crochets contre le palais, lorsqu'ils ne s'en servent pas.